Errichtung einer Gruftkapelle zu Ehren des hl. Sebastian. Heutiges Aussehen und jetzige Größe mit dem vierjochigen Mittelschiff und den beiden Seitenschiffen (zwischen 1470 und 1510). Zweischiffige mächtige Westempore (Orgelempore) von Mathes Klayndl (u.a. Erbauer der Kirche von Kefermarkt), gestützt von schön behauenem Mittelpfeiler.

Schlingrippengewölbe unter der Empore und im Mittelschiff. Bemerkenswert ist auch das rundbogige Südtor aus der Zeit um 1510. Nach der Öffnung der Mauer zwischen Gruftkapelle und Seitenschiff bzw. Presbyterium wurde 1668 der Sebastianialtar durch einen Marienaltar ersetzt. Um 1750 wurde der ganze Altarraum von Franz Ludwig Grimm aus Bayern barockisiert. Die sehenswerte Kanzel von F.L. Grimm wurde anstelle der 1666 von Franz Thier angefertigten neu aus Stuckmarmor errichtet. Kommuniongitter aus rotem und weißem Marmor um 1750 von Franz Schulz aus Zell.

Hochaltar mit Darstellung der Taufe Jesu (Künstler unbekannt), darüber Fresko mit Gottvater (Bartholomeo Altomonte). Marienaltar (1892) vom Linzer Bildschnitzer Ludwig Linzinger mit barocker Marienstatue (1784) von Josef Teitl aus Linz. Florianialtar (1893) von L. Linzinger, Assistenzfiguren hl. Josef und hl. Hedwig. 1978/80 Außen- und Innenrenovierung der Kirche, 1994 Umgestaltung des Altarraumes sowie neue Beicht- und Ausspracheräume. Die Pfarrkirche von Bad Zell ist dem hl. Johannes d. Täufer geweiht. Nähere Informationen sind dem in der Kirche aufliegenden Kirchenführer zu entnehmen.